Huyện Thạnh Phú nằm ở phía nam tỉnh Bến Tre, cuối cù lao Minh, có vị trí địa lý:

• Phía tây giáp huyện Mỏ Cày Nam
• Phía đông bắc giáp các huyện Giồng Trôm và Ba Tri với ranh giới tự nhiên là sông Hàm Luông
• Phía tây nam giáp tỉnh Trà Vinh với ranh giới tự nhiên là sông Cổ Chiên
• Phía đông nam giáp Biển Đông.

Huyện Thạnh Phú có diện tích 411 km², có đường bờ biển dài khoảng 25 km. Huyện lỵ là thị trấn Thạnh Phú nằm trên quốc lộ 57, cách thành phố Bến Tre khoảng 45 km về hướng đông nam. Mật độ dân số khá thấp, đạt 312 người/km².

Địa bàn huyện Thạnh Phú được hình thành từ đất phù sa của hai con sông Hàm Luông và Cổ Chiên bồi tụ nên qua nhiều thế kỷ và hiện nay, bãi biển Thạnh Phú vẫn lấn dần ra phía Biển Đông.

Là một trong 3 huyện duyên hải của tỉnh, Thạnh Phú gồm những cánh đồng bằng phẳng xen kẽ với những giồng cát và những khu rừng ngập mặn. Ở ven biển, ven sông là những dải rừng ráng, chà là, dừa nước, bần, mắm, đước, vẹt v.v... Diện tích chung toàn huyện là 41.180 ha, phần lớn đất đai do ảnh hưởng thủy triều của Biển Đông nên bị nhiễm mặn, còn các xã từ thị trấn Thạnh Phú trở lên giáp với huyện Mỏ Cày thuộc vùng nước lợ. Việc phát triển nông nghiệp, nhất là cây lúa, gặp nhiều khó khăn, năng suất thường bấp bênh.